書籍「ファンタシースターの世界 ファンタシースターを作った人たち」にゲーム化されなかったストーリーが載っています。全文載せるわけにはいけないと思うので、自分なりに要約してみました。

■第一章
 主人公は1にも登場したルツ。マザーブレイン命によりコールドスリープで眠っていたルツは目覚める。そしてルツはマザーブレインに何者かが侵入して狂わせようとしていることを悟る。

■第二章
 ルツが最初に向かったのは、スペースコロニー・エッケン。エッケンは原子炉衛星リュオンで勤める人々が居住している。ルツはここで仲間を選び出す。
 噂話によると、リュオンで原因不明の事故が起こり閉鎖され、大量の人員削減が行われているとのこと。

■第三章
 リュオンに潜り込んだルツたちは内部で大きな爆発音を聞く。動力装置が停止し引力によってパルマに引き寄せられる。
 ルツたちは墜落を阻止すべく各ブロックのセキュリティーを破りつつ、動力装置まで辿り着き手動に切り替える。
 しかし、軌道修正はできず、辛うじて宇宙船から脱出。窓の外にパルマ星の崩壊を目にする。

■第四章
 ルツたちは緑地化されたモタビアを訪れる。モタビア星では蔦科の植物が意識を持ち、農地やパイプラインを破壊し混乱している。それらはどうやらプラントシステムから伸びているらしい。
 モンスタープラントを焼き払いつつなんとかプラントシステムに巡りつき破壊する。しかし、モンスタープラントたちはプラントシステムと独立した生態系を形成ししまう。

■第五章
 ルツたちはモンスタープラントの弱点である大量の水で絶滅させようと考える。
 中央湖の四個所のダムを解放する。しかし、まだこれだけでは足らなかった。
 ルツたちは湖の地下にある気象システムを操作し集中豪雨を発生させ大洪水を発生させることを企て、実行に移す。

■第六章
 洪水を起した結果、モンスタープランとたちの成長は停止。根絶に成功する。
 しかし、ニュースではモンスタープラントの退治や洪水がモタビアンたちの仕業と報じられ、各地でモタビアン狩りが行われはじめる。モタビアンたちは虐殺に対抗すべく徒党を組み反撃を開始する。これに対してモタビア政府は治安システムを作動させることを決定する。
 マザーブレインが狂いはじめた今、治安システムが正常に作動する保証はない。ルツたちは、モタビアンの指導者と面会して説得する。そして反乱を静めることを約束する。
 あとは、治安システムの衛星を見つけだし破壊するのみ。

■第七章
 治安システムを破壊したルツたちはデゾリス星へ向かう。マザーブレインのシステム制作者で唯一存命であるヌーという人物が容疑者として浮上したのだ。
 アルプラチノ高原(注:掲載されているままです)へ行くと不気味な集団と遭遇。マインドコントロールシステム(ヌーが設計したシステム)により洗脳された者特有の症状を示し、アルプラチノ高原の中央にそびえる塔を拝みひれ伏していた。ヌーはここにいると直感する。
 しかし、マインドコントロールに対抗すべくは精神力の強いエスパーの力が必要だ。ESP能力者を見つけ出す。

■第八章
 エスパーを仲間にしたルツたちは塔に侵入。マインドコントロールシステムを破壊することに成功する。ヌーはマインドコントロールによって狂人かした人々に幽閉されていた。
 ヌーの話によると彼が関与できるのはせいぜい自分が設計したマインドコントロールシステムのみ。そして、マザーブレインを狂わせたのはマザーブレイン自身ではないのかと……。
 ルツたちは謎を解き明かすべく最後の冒険へ向かう。
 以下エンディングに続く。


 実際のゲームとの最大の違いは主人公がルツであること。オープニングの夢のシーンは元々ルツが見ていたものらしい。
 あらすじを一言でいうと「マザーブレインのマッチポンプ」。「魔法騎士レイアース」のエメロード姫をマザーブレインに置き換えれば似たような話になりそう?